Биоинформатика

Общий ресурс биоинформатики тесно взаимодействует с другими общими ресурсами, которые генерируют большие и сложные наборы данных. Преподаватели Общего ресурса биостатистики предоставляют дополнительные знания и помогают в анализе данных. Директора ресурсов сотрудничают с пользователями для разработки экспериментов, разработки новых методов анализа и интерпретации данных, интеграции терапевтических знаний и оказания помощи в написании грантов и обработке данных для публикаций.

Несколько типов инновационных технологий, используемых исследователями онкологического центра UNM, позволяют получать большие и сложные многомерные данные, требующие специальных знаний, вычислительных ресурсов и программного обеспечения для анализа. Это включает

  • исследования секвенирования нового поколения (NGS),
  • высокопроизводительный скрининг лекарственных средств (HTS) в сочетании с хеминформатикой, целевой аналитикой и фармакоинформатикой, а также
  • микроскопия сверхвысокого разрешения, включая количественные и гиперспектральные методы.
Биоинформатика Изображение

Предоставление доступа к высококачественным, экспертным и экономичным решениям для анализа данных так же важно, как и предоставление пользователям передовых приборов и лабораторных методов, чтобы они могли наилучшим образом использовать производимые данные.

Компания Общий ресурс по биоинформатике и высокоразмерному анализу данных предоставляет членам онкологического центра УНМ опыт и технологии, необходимые для использования этих сложных наборов данных таким образом, чтобы поддерживать цели исследовательских программ онкологического центра УНД и продвигать новаторские фундаментальные и трансляционные исследования рака в зоне обслуживания онкологического центра УНМ.

Используйте инструменты биоинформатики

Общий ресурс по биоинформатике

Ян Го, доктор философии

Директор, Общий ресурс по биоинформатике
Офис: 505-925-0099
Написать доктору Го

Джереми Эдвардс, доктор философии

Помощник директора

Тудор Опря, MD, PhD

Помощник директора

Олуфунмилола (Мэри) Ойебамиджи, MS

Биоинформатик, Анализ данных

Цзяпэн Хэ, MS

Биоинформатик, Анализ данных

Кэтрин Брейер, доктор философии

Биоинформатик, Анализ данных
также поддерживает Аналитическая и трансляционная геномика

Центр исследования рака (CRF): 100 этаж, ком.XNUMXА

Чтобы подтвердить использование этого общего ресурса, пожалуйста, включите в свои публикации следующее:

Это исследование было частично поддержано грантом UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 и общим ресурсом «Биоинформатика и высокоразмерный анализ данных».

Цели биоинформатики

Предоставлять поддержку в области информатики, аналитики и управления знаниями с помощью экономичных услуг, технологий, оборудования и экспертных знаний для поддержки трех исследовательских программ онкологического центра UNM.

  • Продвигает выдающиеся трансдисциплинарные исследования
  • Поддерживает открытие генетических и других факторов, способствующих развитию рака в Нью-Мексико.

Разрабатывайте специальные инструменты и конвейеры биоинформатики, адаптированные к исследовательским потребностям онкологического центра UNM.

  • Продвигает выдающиеся трансдисциплинарные исследования
  • Поддерживает открытие генетических и других факторов, способствующих развитию рака в Нью-Мексико.

Обеспечение образования и повышение осведомленности о технологиях и услугах в области биоинформатики.

  • Способствует образованию и обучению раковых кадров

Преподаватели и сотрудники

Го ИзображениеЯн Го, доктор философии

Директор Общего ресурса по биоинформатике и высокоразмерному анализу данных
Адъюнкт-профессор молекулярной медицины

Онкологический кабинет, кабинет 100А
505-272-3718
Электронная почта д-ра Янь Го

Образование и обучение

Доктор компьютерных наук, специализируется на биоинформатике, Университет Южной Каролины.
Магистр инженерии, Университет Южной Каролины
Бакалавр компьютерных наук, специализация по японскому языку, Университет Миннесоты

интересы исследования

Разработка методологии биоинформатики и подходов к анализу геномных и генетических исследований.

Изображение ЭдвардсаДжереми Эдвардс, доктор философии

Со-директор Общего ресурса по биоинформатике и высокоразмерному анализу данных
Профессор химии и химической биологии
Профессор химической и биологической инженерии
Профессор молекулярной генетики и микробиологии

Онкологический кабинет, офис 117
505-272-5465
Написать доктору Эдвардсу

Образование и обучение

Постдокторантура по генетике, Гарвардская медицинская школа
Доктор биоинженерии, Калифорнийский университет в Сан-Диего
Магистр биоинженерии, Калифорнийский университет в Сан-Диего
Бакалавр машиностроения, Техасский университет в Арлингтоне

интересы исследования

Биоинформатика, геномные технологии, технология секвенирования нового поколения, системная биология, пространственная регуляция сигнальных путей.

Oprea ИзображениеТудор Опря, MD, PhD

Со-директор Общего ресурса по биоинформатике и высокоразмерному анализу данных
Профессор и заведующий отделением переводческой информатики кафедры внутренней медицины
Электронная почта доктора Опреа

интересы исследования

Химинформатика, целевая аналитика и фармакоинформатика, интеллектуальный анализ и анализ данных, клинические свойства лекарств и конкурентная информация о лекарствах.

Образование и обучение

Постдокторантура в Лос-Аламосской национальной лаборатории теоретической биологии с Анхелем Гарсией
Постдокторантура в Центре молекулярного дизайна Вашингтонского университета с Гарланд Маршалл
Доктор медицины, Университет медицины и фармации в Тимишоаре, Румыния
PhD, Университет медицины и фармации в Тимишоаре, Румыния

Лаборатория Го

Биоинформатика - это мультидисциплинарная область, которая объединяет концепции и навыки из биологии, информатики и биостатистики для решения больших и сложных задач биомедицинских исследований. Наша лаборатория занимается биоинформатикой, геномными исследованиями в области интеллектуального анализа данных, машинным обучением и высокопроизводительным контролем качества геномных данных. Наши общие ресурсы по биоинформатике также обеспечивают поддержку в области биоинформатики для Комплексного онкологического центра Университета Нью-Мексико и за его пределами.

Ян Го, доктор философии, доцент и профессор, директор, общий ресурс по биоинформатике
CV | Отправить письмо

Хуэй Ю, доктор философии, научный сотрудник
CV | Отправить письмо

Олуфунмилола (Мэри) Ойебамиджи, научный сотрудник
CV | Отправить письмо

Цзяпэн Хэ, научный сотрудник
CV | Отправить письмо

Лимин Цзян, приглашенный научный сотрудник
CV | Отправить письмо

Ссылки ресурсов

Статистическая консультационная группа Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе: Ресурсы для стандартных пакетов статистического программного обеспечения и учебные пособия по статистическим концепциям.

Статистические инструменты SWOG: Размер выборки и простое программное обеспечение для анализа.

Биокондуктор: программное обеспечение с открытым исходным кодом для биоинформатики, которое предоставляет инструменты для анализа и понимания высокопроизводительных геномных данных с использованием R язык статистического программирования.

PLINK: бесплатный набор инструментов для анализа ассоциации всего генома с открытым исходным кодом, ориентированный на анализ данных генотипа / фенотипа.

PLINK / SEQ: библиотека C / C ++ с открытым исходным кодом, предоставляющая платформу для разработки аналитических инструментов для данных вариаций из крупномасштабных проектов повторного секвенирования и генотипирования, в частности, исследований всего экзома и всего генома.

METAL: инструмент для метаанализа сканирований ассоциаций по всему геному путем объединения статистики тестов и стандартных ошибок или p-значений из нескольких исследований.

MAGENTA: вычислительный инструмент, который проверяет обогащение генетических ассоциаций предопределенными биологическими процессами или наборами функционально связанных генов.

ИМПУТ2: программа вменения генотипа и фазирования гаплотипа

Программное обеспечение для идентификации генетических вариантов в исследованиях секвенирования генома следующего поколения Инструменты для функциональной аннотации генетических вариантов на основе данных высокопроизводительного секвенирования Доступен более полный список программного обеспечения для анализа данных секвенирования следующего поколения:

http://seqanswers.com/wiki/Software/list

Ниже перечислены свободно доступные онлайн-ресурсы, которые поддерживает Bioinformatics Shared Resource. Они доступны для всех членов Онкологического центра UNM.