Биоинформатика и наука о данных

Общий ресурс биоинформатики и науки о данных (BDS) UNMCCC поддерживает фундаментальные, трансляционные и клинические исследования рака, предоставляя комплексный набор вычислительных и аналитических услуг.

Эти услуги включают

  • научно-исследовательские разработки и проектирование,
  • анализ данных секвенирования нового поколения (NGS),
  • одноклеточная и пространственная транскриптомика,
  • хемоинформатика,
  • информатика рака и
  • передовые статистические и научные методологии.
Биоинформатика Изображение

Члены BDS тесно сотрудничают с Аналитическая и трансляционная геномика и Биостатистика Общие ресурсы для улучшения получения знаний из NGS и других геномных и транскриптомных данных.

Общий ресурс BDS

  • обеспечивает критически важную инфраструктуру для хранения данных, высокопроизводительных вычислений и облачных решений, включая интеграцию с AWS через программу NIH STRIDES, а также
  • управляет CRIIS — уникальной платформой информатики по раковым заболеваниям, которая объединяет клинические, геномные, опухолевые регистрационные и социально-демографические данные, разработанной совместно с местной аналитической компанией при поддержке UNMCCC и штата Нью-Мексико.

Общий ресурс по биоинформатике

Джереми Эдвардс, доктор философии

содиректор

Написать доктору Эдвардсу

Крис Амос, доктор философии

содиректор

Кэтрин (Чарли) Брейер, доктор философии

Биоинформатик, Анализ данных

Олуфунмилола (Фунми) Оебамиджи, MS

Биоинформатик, Анализ данных

Иниго Сан Хиль, доктор философии

Специалист по ИТ-услугам

Сянцзюнь Сяо, MS

Старший специалист по данным

Центр исследования рака (CRF): 100 этаж, ком.XNUMXА

Чтобы подтвердить использование этого общего ресурса, пожалуйста, включите в свои публикации следующее:

Это исследование было частично поддержано грантом UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 и общим ресурсом «Биоинформатика и высокоразмерный анализ данных».

Конкретные цели биоинформатики и науки о данных

Цель 1: Оказывать поддержку в области информатики, аналитики и управления знаниями посредством экономически эффективных услуг, технологий, оборудования и опыта для поддержки трех исследовательских программ UNMCCC.

Приоритетной задачей BDS является предоставление членам UNMCCC доступа к экспертным знаниям в области сложного анализа многомерных данных, а также поддержка программного обеспечения, вычислительных потребностей и комплексных знаний, необходимых для достижения исследовательских целей трёх исследовательских программ UNMCCC. В связи с развитием геномики, в частности пространственной геномики, BDS ожидает роста потребности в анализе сложных омиксных данных.

Используя модель сотрудничества, совместно с ATG и Biostatistics Shared Resources, BDS предоставляет исследователям экономически эффективный способ разработки исследований и последующего анализа сложных и специализированных данных, предоставляя им доступ к информации о специализированных методах и возможностях анализа данных. Кроме того, BDS будет управлять доступом к CRIIS и обучать членов UNMCCC использованию CRIIS, предоставляя консультации по анализу и интерпретации данных.

Цель 2: Разработка специализированных биоинформатических инструментов и процессов, отвечающих исследовательским потребностям UNMCCC.

BDS продолжит разработку инструментов, тесно связанных с потребностями членов онкологического центра, в частности, в области пространственной биологии. Кроме того, BDS будет играть ключевую роль в повышении эффективности CRIIS, разрабатывая безопасную платформу анализа, хранения и распространения идентифицируемой медицинской информации пациентов и геномных данных, полученных UNMCCC.

Цель 3: Обеспечить образование и повысить осведомленность о биоинформатических технологиях и услугах.

Директора BDS участвуют в создании ежеквартального информационного бюллетеня, в котором освещаются и объясняются услуги и технологии BDS, а также помогают пользователям в подготовке конкурсных заявок на гранты, требующих сложного или многомерного анализа данных. Директора посещают исследовательскую программу и другие совещания UNMCCC, предоставляя экспертные знания, консультации и информацию о технологиях и услугах, доступных в BDS, а также информацию о новых подходах и методологиях биоинформатики. Директор Эдвардс активно участвует в программе магистратуры по биоинформатике, предлагаемой Инженерной школой Университета Нью-Мексико, а также читает лекции по биоинформатике в рамках основного курса для аспирантов.

Преподаватели и сотрудники

Изображение ЭдвардсаДжереми Эдвардс, доктор философии

Содиректор Центра совместных ресурсов по биоинформатике и науке о данных

Профессор химии и химической биологии

Профессор химической и биологической инженерии

Профессор молекулярной генетики и микробиологии

Образование и обучение

Постдокторантура по генетике, Гарвардская медицинская школа

Доктор биоинженерии, Калифорнийский университет в Сан-Диего

Магистр биоинженерии, Калифорнийский университет в Сан-Диего

Бакалавр машиностроения, Техасский университет в Арлингтоне

интересы исследования

Биоинформатика, геномные технологии, технология секвенирования нового поколения, системная биология, пространственная регуляция сигнальных путей.

амос-крис-600px.jpgКристофер Амос, доктор философии

Руководитель инициатив HSC по науке о данных

Заместитель директора по народонаселению и науке о данных Центра ООН по вопросам конверсии углерода

Содиректор Центра совместных ресурсов по биоинформатике и науке о данных

Профессор кафедры внутренних болезней Университета Нью-Мексико, отделение эпидемиологии, биостатистики и профилактической медицины

Образование и обучение

Сертификация по медицинской генетике

Постдокторская подготовка, межинститутская программа обучения медицинской генетике в Национальных институтах здравоохранения

Доктор философии, биометрия и генетика, Медицинский центр Университета штата Луизиана

Магистр биометрии и генетики, Медицинский центр Университета штата Луизиана

Бакалавр наук, колледж Рид. 

интересы исследования

Доктор Амос посвятил большую часть своей карьеры разработке и внедрению методов понимания генетических и экологических влияний, лежащих в основе этиологии распространенных видов рака.