Аналитическая и трансляционная геномика

ATG доступен всем исследователям Университета Нью-Мексико (UNM) и связанных с ним организаций. Тем не менее, необходимо предоставить ссылку на P30CA118100, а также упомянуть ATG и другие общедоступные ресурсы UNMCCC, использованные для получения данных.

Чтобы отдать должное нашему вкладу, мы просим вас включить следующий текст в раздел благодарностей ваших рукописей:

Данное исследование частично финансировалось за счет гранта NCI P30CA118100 от Комплексного онкологического центра Университета Нью-Мексико и использовало общие ресурсы аналитической и трансляционной геномики.

Ключевые услуги, технологии и оборудование

Высокопроизводительное секвенирование ДНК и РНК. ATG предлагает полногеномное секвенирование, секвенирование РНК в больших объемах, ChIP-seq, RIP-seq, экзомный анализ и анализ малых РНК с использованием секвенатора Singular Genomics G4. В качестве исходного материала могут использоваться клетки, слюна, кровь, а также образцы патологоанатомических материалов, фиксированные формалином и заключенные в парафин (FFPE) или свежезамороженные образцы.

Секвенирование отдельных клеток с помощью системы 10x Genomics. Используя контроллер 10x Genomics Chromium, а также автоматический счетчик клеток Countess II и диссоциатор Miltenyi gentleMACS Octo для создания суспензий отдельных клеток, сотрудники ATG подготавливают образцы и создают библиотеки NGS для секвенирования ДНК и РНК.

10x Visium-HD и Xenium in situ для анализа всего транскриптома и целевой экспрессии генов. В сотрудничестве с Центром совместного использования ресурсов Human Tissue Repository & Tissue Analysis (HTR-TA) ATG предлагает пространственный анализ всего транскриптома свежезамороженных и фиксированных формалином и заключенных в парафин тканей с использованием технологий пространственного анализа экспрессии генов Visium-HD и Xenium in situ от 10x Genomics. Пространственный анализ экспрессии генов Visium HD позволяет определить полный транскриптом целых срезов тканей, обеспечивая морфологический контекст и высокое клеточное разрешение. Xenium in situ позволяет проводить высокопроизводительное субклеточное картирование до 5,000 генов наряду с мультиплексными белками в пределах одного сегмента ткани, что достигается в сотрудничестве с HTR-TA для подготовки образцов.

Анализ данных NGS, scRNA-seq и взаимодействие с общими ресурсами биостатистики и биоинформатики и науки о данных (BDS). ATG координирует работу с общими ресурсами биостатистики и BDS для создания аналитических инструментов контроля качества и разработки конвейеров анализа данных для данных G4-Singular, включая обнаружение однонуклеотидных вариантов (SNV) в образцах ДНК, анализ экспрессии генов, анализ вариантов в РНК, данные scRNA-seq, обнаружение транскриптов слияния в данных RNA-seq и анализ вариантов числа копий (CNV). Обработанные файлы хранятся в нашей защищенной облачной учетной записи AWS и используются для последующего анализа сотрудниками ATG или BDS с использованием специализированных скриптов R. Технический директор ATG Брейер выполняет двойную роль: старшего биоинформатика и связующего звена с общими ресурсами биостатистики и BDS для содействия разработке исследований и анализу данных.

Хранение и обработка данных. ATG использует защищенную учетную запись AWS, соответствующую требованиям HIPAA и одобренную IRB, для хранения и анализа больших наборов данных. Все данные обезличены, зашифрованы при передаче и хранении. Доступ к данным имеют только авторизованные пользователи, для чего требуется двухфакторная аутентификация. В целях обеспечения безопасности геномных данных ATG придерживается правил, изложенных в документе NIH Security Best Practices for Controlled-Access Data, Subject to the NIH Genomic Data Sharing Policy.

Другие услуги. В распоряжении ATG имеются анализатор Agilent BioAnalyzer, флуориметр Qubit, диссоциатор Miltenyi gentleMACs Octo с нагревателями (для получения суспензий отдельных клеток из тканей), автоматический счетчик клеток Countess II и прибор для количественной ПЦР ThermoFisher QuantStudio 6 Pro, которые доступны для использования членами UNMCCC. Для автоматизированной экстракции нуклеиновых кислот в больших объемах доступен робот Qiagen EZ2 для экстракции ДНК/РНК.

ATG может секвенировать следующие типы:

• Обнаружение мутаций или вариантов генов. Это может включать оценку уровня генетических мутаций в опухоли, анализ конкретных генетических вариаций при конкретном раке или заболевании или оценку того, как клетки реагируют на повреждение ДНК после травмы или лечения. Обычно это достигается с помощью целевого секвенирования генной панели для анализа генов, связанных с раком или некоторыми заболеваниями.
• Исследования экспрессии генов. Транскрипционное профилирование клеток, тканей, органоидов или образцов пациентов, как отдельных клеток, так и в больших количествах.
• Ряд анализов анализа состояния хроматина, от исследований метилирования ДНК до анализов ATAC и ChIP-seq.
• Изучение некодирующих РНК такие как нкРНК, линкРНК, микроРНК и тРНК.

Для записи на консультацию, пожалуйста, свяжитесь с Келом Куком ( kelcook@salud.unm.edu ) или Кэтрин Брейер ( kbrayer@salud.unm.edu ).

Секвенсор Singular Genomics G4

• Гибкий и быстрый секвенсор с парными концами
• Способен производить до 1.6 миллиарда чтений размером 2 x 150 п.н. за 24 часа.
• Может быть настроен на различную длину чтения.
• Совместим практически со всеми библиотеками, которые можно секвенировать на приборах Illumina.

Более подробная информация: https://www.singulargenomics.com/

10x Genomics Chromium iX

• Разделяет клетки или ядра для секвенирования отдельных клеток
• Захватывает РНК, белок и/или хроматин
• Анализ экспрессии генов, репертуар иммунных клеток, доступность хроматина, нарушения CRISPR
• Входные данные различаются в зависимости от анализа, но включают суспензии живых клеток, ядра, фиксированные клетки, замороженные ткани и блоки FFPE. Доступны виды-агностические анализы

Более подробная информация: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

10-кратный анализатор Genomics Xenium

• Платформа визуализации пространственной транскриптомики
• Субклеточное разрешение
• Способен захватывать до 5,000 генов.
• Несколько предварительно разработанных генных панелей, которые можно дополнительно настроить (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Более подробная информация: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

10-кратный геномный CytAssist

• Облегчает проведение пространственных транскриптомных анализов Visium и Visium HD.
• Начните с блоков FFPE или предварительно нарезанных FFPE и свежезамороженных секций.
• Совместим с срезами, окрашенными H&E или иммунофлуоресценцией.

Более подробная информация: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Биоанализатор Аджилент: Анализ качества/количества ДНК и РНК с использованием минимальных входных данных. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Флуорометр Qubit II: Количественное определение ДНК и РНК.
• ThermoFisher/Invitrogen Countess II: Подсчет клеток и количественная оценка доли живых клеток в образце.

• Мягкий октодиссоциатор MACS MilteNY Biotec с нагревателями: Диссоциируйте образцы тканей перед секвенированием отдельных клеток.
• Цяген EZ2: Автоматизированное извлечение ДНК и РНК.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Система ПЦР в реальном времени с блоками на 96 и 384 лунки обеспечивает гибкость и простоту анализа экспрессии генов.

Отдельные инструменты доступны для использования квалифицированными и обученными членами сообщества ЕНД. Общие инструменты доступны в обычное рабочее время, а также в другое время по специальной договоренности. Пожалуйста, свяжитесь с сотрудниками учреждения ATG для получения дополнительной информации об анализах и ценах.