Аналитическая и трансляционная геномика

ATG доступен всем исследователям Университета Нью-Мексико (UNM) и связанных с ним организаций. Тем не менее, необходимо предоставить ссылку на P30CA118100, а также упомянуть ATG и другие общедоступные ресурсы UNMCCC, использованные для получения данных.

Чтобы отдать должное нашему вкладу, мы просим вас включить следующий текст в раздел благодарностей ваших рукописей:

Это исследование получило частичное финансирование из гранта поддержки Комплексного онкологического центра UNM NCI P30CA118100 и использовало общий ресурс по аналитической и трансляционной геномике..

Ключевые услуги, технологии и оборудование

Высокопроизводительное ДНК-секвенирование и РНК-секвенирование. Компания ATG предлагает полногеномное секвенирование, секвенирование РНК, ChIP-секвенирование, RIP-секвенирование, экзомный анализ и анализ малых РНК с помощью секвенатора Singular Genomics G4. Исходным материалом могут быть клетки, слюна, кровь, а также образцы FFPE или свежезамороженные образцы патологий. 

10-кратное геномное секвенирование отдельных клеток. Используя контроллер 10x Genomics Chromium вместе с автоматическим счетчиком клеток Countess II и диссоциатором Miltenyi gentleMACS Octo для создания суспензий отдельных клеток, сотрудники ATG готовят образцы и конструируют библиотеки NGS для NGS ДНК и РНК.

10x Visium-HD и Xenium in situ для анализа всего транскриптома и целевой экспрессии генов. В сотрудничестве с ресурсом Human Tissue Repository & Tissue Analysis (HTR-TA) Центр ATG предлагает пространственный анализ полного транскриптома свежезамороженных и FFPE-тканей с использованием технологий пространственной экспрессии генов Visium-HD и Xenium in situ от компании 10x Genomics. Технология пространственной экспрессии генов Visium HD позволяет получить полный транскриптом целых срезов ткани, предоставляя морфологический контекст и высокое разрешение. Xenium in situ обеспечивает высокопроизводительное субклеточное картирование до 5,000 генов и мультиплексных белков в пределах одного сегмента ткани, полученных в сотрудничестве с HTR-TA для подготовки образцов.

Анализ данных NGS, scRNA-seq и взаимодействие с общими ресурсами биостатистики, биоинформатики и науки о данных (BDS). Группа ATG координирует работу с отделом биостатистики и общими ресурсами BDS для внедрения аналитики контроля качества и разработки процессов анализа данных G4-Singular, включая выявление однонуклеотидных вариантов (SNV) в образцах ДНК, анализ экспрессии генов, анализ вариантов в РНК, данные секвенирования scRNA, выявление транскриптов слияния в РНК и анализ вариаций числа копий (CNV). Обработанные файлы хранятся в нашей защищенной облачной учетной записи AWS и используются для последующего анализа сотрудниками ATG или BDS с использованием специализированных скриптов R. Технический директор ATG Брейер совмещает функции старшего биоинформатика и координатора по связям с отделом биостатистики и общими ресурсами BDS, способствуя разработке исследований и анализу данных.

Хранение данных и вычисления. ATG поддерживает безопасную учётную запись AWS, соответствующую требованиям HIPAA и одобренную IRB, где можно хранить и анализировать большие наборы данных. Все данные обезличиваются, шифруются при передаче и сохраняются. Доступ к ним имеют только авторизованные пользователи, для чего требуется двухфакторная аутентификация. Для обеспечения безопасности геномных данных ATG придерживается политик, изложенных в «Рекомендациях по безопасности для данных с контролируемым доступом» Национальных институтов здравоохранения (NIH) в соответствии с Политикой обмена геномными данными NIH.

Другие услуги. Центр ATG оснащен биоанализатором Agilent BioAnalyzer, флуориметром Qubit, диссоциатором Miltenyi gentleMACs Octo с нагревателями (для получения суспензий отдельных клеток из тканей), автоматическим счётчиком клеток Countess II и системой количественной ПЦР ThermoFisher QuantStudio 6 Pro, которые доступны для использования членами UNMCCC. Для автоматизированного выделения нуклеиновых кислот в больших объёмах доступен роботизированный экстракционный аппарат для ДНК/РНК Qiagen EZ2.

ATG может секвенировать следующие типы:

• Обнаружение мутаций или вариантов генов. Это может включать оценку уровня генетических мутаций в опухоли, анализ конкретных генетических вариаций при конкретном раке или заболевании или оценку того, как клетки реагируют на повреждение ДНК после травмы или лечения. Обычно это достигается с помощью целевого секвенирования генной панели для анализа генов, связанных с раком или некоторыми заболеваниями.
• Исследования экспрессии генов. Транскрипционное профилирование клеток, тканей, органоидов или образцов пациентов, как отдельных клеток, так и в больших количествах.
• Ряд анализов анализа состояния хроматина, от исследований метилирования ДНК до анализов ATAC и ChIP-seq.
• Изучение некодирующих РНК такие как нкРНК, линкРНК, микроРНК и тРНК.

Пожалуйста, свяжитесь с Келом Куком (kelcook@salud.unm.edu) или Кэтрин Брайер (kbrayer@salud.unm.edu), чтобы записаться на консультацию.

АТГ использует ILAB для выставления счетов.

По вопросам относительно iLabs или для настройки учетной записи/PR для использования в общем ресурсе, пожалуйста, отправьте электронное письмо Палакши Редди Бандапалли или позвоните по телефону 505-272-4539.

Секвенсор Singular Genomics G4

• Гибкий и быстрый секвенсор с парными концами
• Способен производить до 1.6 миллиарда чтений размером 2 x 150 п.н. за 24 часа.
• Может быть настроен на различную длину чтения.
• Совместим практически со всеми библиотеками, которые можно секвенировать на приборах Illumina.

Для получения дополнительной информации: https://www.singulargenomics.com/

10x Genomics Chromium iX

• Разделяет клетки или ядра для секвенирования отдельных клеток
• Захватывает РНК, белок и/или хроматин
• Анализ экспрессии генов, репертуар иммунных клеток, доступность хроматина, нарушения CRISPR
• Входные данные различаются в зависимости от анализа, но включают суспензии живых клеток, ядра, фиксированные клетки, замороженные ткани и блоки FFPE. Доступны виды-агностические анализы

Для получения дополнительной информации: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

10-кратный анализатор Genomics Xenium

• Платформа визуализации пространственной транскриптомики
• Субклеточное разрешение
• Способен захватывать до 5,000 генов.
• Несколько предварительно разработанных генных панелей, которые можно дополнительно настроить (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Для получения дополнительной информации: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

10-кратный геномный CytAssist

• Облегчает проведение пространственных транскриптомных анализов Visium и Visium HD.
• Начните с блоков FFPE или предварительно нарезанных FFPE и свежезамороженных секций.
• Совместим с срезами, окрашенными H&E или иммунофлуоресценцией.

Для получения дополнительной информации: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Биоанализатор Аджилент: Анализ качества/количества ДНК и РНК с использованием минимальных входных данных. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Флуорометр Qubit II: Количественное определение ДНК и РНК.
• ThermoFisher/Invitrogen Countess II: Подсчет клеток и количественная оценка доли живых клеток в образце.

• Мягкий октодиссоциатор MACS MilteNY Biotec с нагревателями: Диссоциируйте образцы тканей перед секвенированием отдельных клеток.
• Цяген EZ2: Автоматизированное извлечение ДНК и РНК.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Система ПЦР в реальном времени с блоками на 96 и 384 лунки обеспечивает гибкость и простоту анализа экспрессии генов.

Отдельные инструменты доступны для использования квалифицированными и обученными членами сообщества ЕНД. Общие инструменты доступны в обычное рабочее время, а также в другое время по специальной договоренности. Пожалуйста, свяжитесь с сотрудниками учреждения ATG для получения дополнительной информации об анализах и ценах.