Репозиторий тканей человека и анализ тканей

Совместный ресурс по репозиторию тканей человека и анализу тканей (HTR-TASR) совместно финансируется Центром комплексного лечения рака UNM и Отделением патологии. HTR-TASR сертифицирован Колледжем американских патологоанатомов (CAP).

HTR-TASR был создан для содействия трансляционным исследованиям факультета в UNM Cancer Center, Department of Pathology, School of Medicine и в других институтах. На этом веб-сайте описываются предлагаемые услуги и контактные данные сотрудников HTR-TASR, которые могут проконсультировать по вопросам доступности образцов и по всем аспектам гистологии и молекулярной патологии.

Цель

Содействовать приобретению, хранению и распространению высококачественных образцов тканей человека среди исследователей UNM для использования в научных исследованиях при соблюдении соответствующих этических, научных и законодательных принципов и правил.

О HTR-Tissue

Общий ресурс HTR-Tissue:

  • Польза для будущих пациентов, позволяя исследователям получить доступ к хорошо сохранившимся и поддерживаемым тканям, которые иначе были бы недоступны
  • Пользу от UNM HSC, усиливая миссию по предоставлению качественной помощи пациентам за счет содействия инновационным и клинически ценным исследованиям.
  • Честная брокерская функция HTR по выдаче обезличенных образцов, лишенных 18 личных идентификаторов HIPAA, защищает исследователей от потенциальных осложнений / нарушений HIPAA

TASR предоставляет множество гистологические услуги, включая обработку и заливку парафином, парафин и замороженные срезы, окрашивание H&E, окрашивание IHC, построение TMA, оцифровку слайдов и анализ изображений.

Краткое описание услуг HTR-TASR для заявок на гранты

Общий ресурс репозитория человеческих тканей и анализа тканей (HTR-TASR) может выполнять ряд методов и предлагает различные услуги на платной основе.

HTR-TASR собирает соответствующие нормальные и опухолевые ткани, в первую очередь, из остатков отбракованных хирургических образцов и хранит их либо в замороженном виде, либо в виде блоков, зафиксированных формалином и залитых парафином (FFPE). Исследователи могут запросить ткани, получив одобрение от IRB (Управление по защите исследований на людях) и Научного комитета по рассмотрению (SRC).

HTR-TASR также может предоставлять ряд различных гистологических и молекулярных услуг, таких как секционирование и окрашивание гематоксилином и эозином, иммуногистохимия и иммунофлуоресценция с использованием платформы Ventana Discovery Ultra, создание индивидуальных тканевых микрочипов (TMA), оцифровка слайдов (светлое поле) с помощью Aperio AT2 и анализ изображений с использованием платформы HALO™ (от Indica Labs, главный офис в Альбукерке, штат Нью-Мексико).

Доступны различные типы обработки крови, включая подсчет клеток и их жизнеспособность с помощью Nexelom Cellometer 1000.

Некоторые исследователи требуют специально подготовленные образцы или имеют особые требования к образцам. Для этих одобренных исследований персонал HTR будет в перспективе собирать образцы и обрабатывать их в соответствии с потребностями исследователей. Необходимо организовать совещание по осуществимости с техническим менеджером для обсуждения желаемых услуг.

Чтобы подтвердить использование этого общего ресурса, пожалуйста, включите в свои публикации следующее:

Это исследование было частично поддержано грантом NCI P30CA118100 Универсального онкологического центра UNM и использовало общий ресурс репозитория человеческих тканей и анализа тканей, который получает дополнительную поддержку со стороны отделения патологии Медицинской школы Университета Нью-Мексико.

Связаться с HTR-Tissue

Телефон: (505) 272-1127
Эл. Почта: fabricbank@salud.unm.edu
Фитц Холл, комнаты 306B и 306C
Медицинская школа UNM HSC
Отделение патологии
МСК 08-4640
915 Камино де Салуд, NE
Альбукерке, Нью-Мексико 87131

Repository Standards and Accreditation

At the UNM Human Tissue Repository, we are committed to maintaining the highest standards in biospecimen management, quality assurance, and ethical oversight. Our operations follow rigorous guidelines and best practices established by leading national and international organizations:

  • National Cancer Institute (NCI) – Biorepositories and Biospecimen Research Branch (BBRB)
    We adhere to the BBRB’s Best Practices for Biospecimen Resources, which provide comprehensive guidance on the collection, processing, storage, and distribution of biospecimens to ensure consistency and scientific integrity.
    https://biospecimens.cancer.gov/default.asp
  • International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER)
    HTR aligns with the ISBER Best Practices for Repositories, an internationally recognized framework for the management and governance of biorepositories supporting research in the biological and environmental sciences.
    https://www.isber.org/page/BPR
  • College of American Pathologists (CAP) – Biorepository Accreditation Program
    HTR is proud to be accredited by CAP through its Biorepository Accreditation Program, which validates our compliance with industry-leading standards in biospecimen quality, traceability, and operational excellence.
    https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation/biorepository-accreditation-program

These standards ensure that our biospecimens and services support high-quality, reproducible research and contribute meaningfully to advances in cancer science and patient care.

HTR-TA Персонал

joste-nancy-cc.jpgНэнси Хосте, доктор медицины

Профессор и заведующий кафедрой патологии

Медицинский директор

Наблюдает за аспектами контроля качества Ресурса

Кэтлин Мартинес, PDКэтлин Мартинес PA

Технический менеджер

Курирует технические аспекты Ресурса

Фред Шульц, МассачусетсФред Шульц, Массачусетс

Управление информатикой

Услуги гистологии и молекулярной патологии

Обработка тканей, заливка в парафин и нарезка парафиновых срезов, а также мгновенное замораживание тканей и замороженных срезов. Окрашивание H&E на парафиновых и замороженных срезах.

Лаборатория может окрашивать срезы тканей стандартными антителами, используя уже существующие протоколы. В качестве альтернативы лаборатория может обрабатывать антитела с помощью платформы VENTANA DISCOVERY, которая позволяет использовать несколько комбинаций окрашивания для оптимизации результатов окрашивания.

HER-2 и изображение ER
Двойное окрашивание для HER-2 и ER
Микромассивы тканей HTR - е-кадгерин

Дизайн и конструкция тканевого микроматрицы: это влечет за собой сбор донорских парафиновых блоков, выбор областей, представляющих интерес для сердцевины, и помещение ядер в пустой парафиновый блок-реципиент. Преимущества заключаются в скорости и стоимости, поскольку на одном слайде можно оценить несколько образцов. Типичный АПМ содержит от 50 до 200 ядер диаметром 0.6–2.0 мм. Приблизительно 50 секций можно получить из одного блока TMA.

 

(Справа: E-кадгерин)

Персонал HTR-TASR может получить архивные блоки ткани из больницы UNM.

Обычно это включает в себя сбор избыточных или остаточных тканей, оставшихся во время хирургической резекции после того, как диагностические образцы были взяты для микроскопического исследования хирургическим патологом, и достаточное количество образцов остается в парафине для потенциального будущего тестирования для ухода за пациентом. Персонал HTR-TASR будет собирать ткани в кабинете общей диссекции хирургической патологии UNM HSC. В настоящее время HTR не выполняет венепункции, но хранит такие образцы по запросу исследователей.

Консультанты проекта HTR-TASR могут собирать патологические и клинические данные, которые лишены идентификаторов HIPAA и закодированы для соответствия образцам.

Анализ изображений

Изображения срезов тканей, окрашенных гематоксилин-эозином или иммуногистохимически, захватываются цифровым сканером Leica AT2 и загружаются в программное обеспечение HALO для визуализации и аннотирования.

Программное обеспечение HALO позволяет аннотировать ткань (опухоль, строму, мышцы, жир и т. Д.), А затем подсчитывать клетки, положительные по выбранному белку (рисунок справа) в каждой из этих аннотированных областей. Это также позволит вам анализировать и количественно определять взаимодействия ближайших соседей.

Программное обеспечение включает в себя инструмент для создания фигур, который может создавать многопанельные фотографии изображений в доступных для публикации форматах, включая опорные рамки и масштабную линейку.

Количественные результаты Изображение

На этом рисунке показана количественная оценка окрашивания на Ki67 при раке груди. Верхняя левая панель показывает образец тканевого микрочипа, средняя панель показывает окрашивание Ki67 (коричневый) без разметки HALO, а правая панель показывает то же изображение с разметкой HALO.

Разметка показывает низкий уровень окрашивания (желтый), умеренный (коричневый) и высокий уровень (красный) Ki67 в ядре опухолевых клеток. Окрашивание синим - это клетки, отрицательные по Ki67. Программа может независимо подсчитывать окрашивание Ki67 в стоме опухоли.

В таблице показано количество и процент клеток в каждой категории окрашивания, а гистограмма показывает распределение окрашивания.

Как подать заявку на получение образцов

Контакты Кэти Мартинес планировать.

Откройте свою учетную запись в iLab:

  1. Перейдите в страница входа в iLabs.
  2. В правом верхнем углу экрана выберите Регистрация
  3. Заполните регистрационную форму на странице регистрации.
  4. Получите приветственное письмо от iLab с учетными данными и инструкциями

Запрос услуг в iLab:

  1. Создайте заявку на закупку (PR) через свой отдел. Отправить PR по электронной почте Палакши Редди Бандапалли с просьбой добавить его в вашу лабораторию в системе iLab.
  2. Перейдите в iLabs войти стр.
  3. В правом верхнем углу этой страницы введите свое имя пользователя и пароль.
  4. На вкладке «Запрос услуг» нажмите «Инициировать запрос».
  5. Заполните форму и предоставьте платежную информацию для вашего запроса до отправки запроса в HTR.
    1. Убедитесь, что название проекта и номера SRC/HRRC/IACUC совпадают с указанными в ваших письмах об одобрении.
    2. Под каждой категорией услуг введите желаемое число и щелкните вкладку «Добавить выбранные услуги». Услуги будут добавлены внизу формы.
    3. Используйте поле «Дополнительная информация», чтобы добавить любую важную информацию, а также прикрепить / загрузить любые соответствующие документы, такие как список образцов или описание ориентации.
  6. Запросы будут рассмотрены HTR, который внесет все необходимые изменения и отправит их на ваше одобрение. Вы получите электронное письмо от iLab относительно вашего обновленного запроса на проект.
  1. Отправьте свое предложение в Комитет научной экспертизы (SRC). Свяжитесь с Эрнестиной Армийо для руководства в этом процессе.
  2. Как только SRC одобрит ваше предложение, отправьте письмо об одобрении вместе с заявкой в ​​ЕНД. Комитет по обзору исследований на людях (HRRC) Институциональный наблюдательный совет (IRB).

Для навигации по процессу подачи заявки на IRB:

  1. По указанной выше ссылке нажмите кнопку «Click IRB» слева.
  2. Щелкните вкладку IRB вверху экрана.
  3. Нажмите кнопку «Создать новое исследование» слева.
  4. Заполните форму
  5. В вопросе № 7 щелкните ссылку, чтобы перейти в библиотеку и выбрать соответствующий протокол для вашего исследования.
    1. Если для вашего исследования требуются только обезличенные материалы, выберите протокол освобожденной категории 4 (HRP-582). * Примечание: для деидентифицированных выброшенных салфеток согласие может не требоваться
    2. Если ваше исследование не требует получения какой-либо информации о живых людях, выберите Nonhuman Subject Research (HRP-585)
    3. Вы можете подать ускоренную заявку, если ваше исследование включает только образцы, которые были собраны исключительно для целей, не связанных с исследованиями (например, для лечения и диагностики).
  6. После одобрения HRRC отправьте запрос ткани в HTR через iLab. Вы загрузите свои письма-утверждения SRC и IRB, и у вас будет активный PR в системе.
  1. Свяжитесь с HTR-TASR для обсуждения вопросов планирования / технико-экономического обоснования.
  2. Отправьте свое предложение в Комитет научной экспертизы (SRC). Свяжитесь с Эрнестиной Армийо для руководства по этому процессу.
  3. После того как SRC одобрит ваше предложение, отправьте письмо об одобрении вместе с вашей заявкой в ​​Институциональный наблюдательный совет UNM Human Research Review Committee (HRRC) (IRB) (см. инструкции выше).
  4. Свяжитесь с HTR-TASR для дополнительной сессии планирования (обычно требуется для уточнения деталей процесса. Эта встреча включает получение одобрения от начальника отделения хирургической патологии для обеспечения доступности образцов при сохранении соответствия национальным лабораторным правилам и наилучшего ухода за пациентами.
  5. Если после завершения расследования у вас остались ткани, вы должны вернуть их в HTR.
  1. Вы должны получить разрешение местного комитета по обзору исследований на людях, если какая-либо часть собранных тканей потенциально может быть использована для исследований.
  2. Начальник отделения хирургической патологии или назначенное им лицо должны одобрить метод сбора образцов, чтобы обеспечить сохранение достаточного количества репрезентативных тканей для оказания клинической помощи.

Каталог

Сайт собранных тканей

(Включает архивные материалы из UNM и предполагаемую коллекцию для исследователей для конкретных исследований.)

  • Мочевой пузырь, Кровь, Кость, Костный мозг, Мозг, Грудь
  • Грудная стенка, колоректальный
  • Мембранный клапан
  • Желчный пузырь
  • Голова и шея
  • Почка
  • Печень, легкие, лимфатический узел
  • средостение
  • Сальник, яичник
  • Поджелудочная железа, пенис, брюшина, простата
  • Слюна, слюнная железа, кожа, тонкий кишечник, мягкие ткани, селезенка, желудок
  • Яичко, тимус, щитовидная железа
  • Матка и шейка матки
  • Влагалище / вульва

Расширенный регистр рака груди (EBCR)

Это сложный сбор тканей, состоящий из более чем 400 согласованных пациентов с разными временными точками и типами собранных тканей. По каждому пациенту были собраны следующие данные:

  • Максимум 5 аликвот сыворотки / участник / сбор (например, базовый уровень или время FUP)
  • Максимум 10 аликвот плазмы / участник / коллекция
  • 10 аликвот ДНК из цельной крови / участника / коллекции
  • Максимум 2 аликвоты ДНК из жидкости для полоскания рта или мазка / участника / коллекции
  • ткань груди (аспираты тонкой иглы, флаконы и формы для ОКТ) - все случаи разные.

Пожалуйста, свяжитесь с HTR-TASR для более подробного запроса этого набора данных.