Репозиторий тканей человека и анализ тканей
Совместный ресурс «Репозиторий и анализ тканей человека» (HTR-TA) поддерживается и управляется совместно Центром комплексного лечения рака и кафедрой патологии Университета Нью-Мексико. Совместный ресурс HTR-TA сертифицирован Колледжем американских патологоанатомов (CAP).
Совместный ресурс HTR-TA был создан для содействия трансляционным исследованиям профессорско-преподавательского состава Онкологического центра Университета Нью-Мексико, кафедры патологии, медицинского факультета и других институтов. На этом сайте представлены предлагаемые услуги и контактные данные сотрудников совместного ресурса HTR-TA, которые могут предоставить консультации по вопросам доступности образцов и всем аспектам гистологии и молекулярной патологии.
Цель
Общий ресурс «Репозиторий тканей человека и анализ тканей» (HTR-TA) поддерживает фундаментальные и трансляционные исследования рака, предоставляя пользователям образцы опухолей и соответствующих нормальных тканей в виде замороженных или фиксированных формалином и залитых парафином (FFPE) образцов.
О совместном ресурсе HTR-TA
Общий ресурс HTR-TA:
- Польза для будущих пациентов, позволяя исследователям получить доступ к хорошо сохранившимся и поддерживаемым тканям, которые иначе были бы недоступны
- Пользу от UNM HSC, усиливая миссию по предоставлению качественной помощи пациентам за счет содействия инновационным и клинически ценным исследованиям.
- Функция честного посредника совместного ресурса HTR-TA при выдаче обезличенных образцов, лишенных 18 персональных идентификаторов HIPAA, защищает исследователей от потенциальных осложнений/нарушений HIPAA.
Общий ресурс HTR-TA предоставляет несколько важных гистологические услугиСреди них:
- обработка тканей и заливка в парафин,
- секционирование,
- Окрашивание гематоксилином и эозином,
- iиммуногистохимическая и цифровая визуализация, а также
- анализ окрашенных срезов, а также консервирование и выдача образцов тканей.
Сбор тканей производится после получения соответствующего согласия. Образцы хранятся в базе данных, которая также содержит связанную информацию о пациенте (например, имя, дата рождения и указанная им демографическая категория), источнике ткани и диагнозе, а также другие данные, включая метод сбора ткани, длительность ишемии и способ обработки ткани после получения HTR-TA.
В настоящее время в HTR-TA хранится более 60 000 биологических образцов, в том числе более 20 000 замороженных и более 17 000 FFPE-биологических образцов, а также более 7 000 образцов крови (цельная кровь, сыворотка, плазма, а также замороженные и криоконсервированные клетки).
Коллекция тканей HTR-TA отражает популяции в водосборной зоне UNMCCC.
Краткое описание услуг HTR-TA по совместному использованию ресурсов для подачи заявок на гранты
Общий ресурс «Репозиторий тканей человека и анализ тканей» (HTR-TA) имеет возможность применять ряд методик и предлагает разнообразные услуги на платной основе.
Общий ресурс HTR-TA собирает соответствующие нормальные и опухолевые ткани, в первую очередь из остатков отбракованных хирургических образцов, и хранит их либо в замороженном виде, либо в виде блоков, зафиксированных формалином и залитых парафином (FFPE). Исследователи могут запрашивать ткани, при этом требуются разрешения от IRB (Управление по защите исследований на людях) и Научного комитета по рассмотрению (SRC).
Общий ресурс HTR-TA также может предоставлять ряд различных гистологических и молекулярных услуг, таких как секционирование и окрашивание гематоксилином и эозином, иммуногистохимия и иммунофлуоресценция с использованием платформы Ventana Discovery Ultra, создание индивидуальных тканевых микрочипов (TMA), оцифровка слайдов (светлое поле) с помощью Aperio AT2 и анализ изображений с использованием платформы HALO™ (от Indica Labs, главный офис в Альбукерке, штат Нью-Мексико).
Доступны различные типы обработки крови, включая подсчет клеток и их жизнеспособность с помощью Nexelom Cellometer 1000.
Некоторые исследователи требуют специально подготовленных образцов или имеют особые требования к образцам. Для этих одобренных исследований сотрудники HTR-TA, работающие с общими ресурсами, будут в перспективе собирать образцы и обрабатывать их в соответствии с потребностями исследователей. Необходимо организовать совещание по осуществимости с техническим менеджером для обсуждения желаемых услуг.
Чтобы подтвердить использование этого общего ресурса, пожалуйста, включите в свои публикации следующее:
Это исследование было частично поддержано грантом NCI P30CA118100 на поддержку Комплексного онкологического центра Университета Нью-Мексико и использовало общий ресурс Human Tissue Repository & Tissue Analysis, который получает дополнительную поддержку от кафедры патологии Медицинской школы Университета Нью-Мексико.
Свяжитесь с HTR-TA общий ресурс
Телефон: (505) 272-1127
Эл. Почта: fabricbank@salud.unm.edu
Фитц Холл, комнаты 306B и 306C
Медицинская школа UNM HSC
Отделение патологии
МСК 08-4640
915 Камино де Салуд, NE
Альбукерке, Нью-Мексико 87131
Стандарты и аккредитация репозитория
В общем ресурсе UNM HTR-TA мы стремимся поддерживать самые высокие стандарты в управлении биообразцами, обеспечении качества и этическом надзоре. Наши операции следуют строгим рекомендациям и передовым практикам, установленным ведущими национальными и международными организациями:
- Национальный институт рака (NCI) – Отделение биохранилищ и исследований биологических образцов (BBRB)
Мы придерживаемся BBRB Лучшие практики для ресурсов биологических образцов, которые предоставляют комплексные рекомендации по сбору, обработке, хранению и распространению биологических образцов для обеспечения последовательности и научной целостности.
https://biospecimens.cancer.gov/default.asp - Международное общество биологических и экологических хранилищ (ISBER)
HTR согласуется с ISBER Лучшие практики для репозиториев, международно признанная структура для управления и руководства биохранилищами, поддерживающими исследования в области биологических и экологических наук.
https://www.isber.org/page/BPR - Коллегия американских патологов (CAP) – Программа аккредитации биохранилищ
Компания HTR гордится тем, что получила аккредитацию CAP в рамках Программы аккредитации биохранилищ, которая подтверждает наше соответствие ведущим отраслевым стандартам качества биологических образцов, прослеживаемости и операционного совершенства.
https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation/biorepository-accreditation-program
Эти стандарты гарантируют, что наши биологические образцы и услуги поддерживают высококачественные, воспроизводимые исследования и вносят значимый вклад в развитие онкологии и ухода за пациентами.
HTR-TA общий ресурс Персонал
Нэнси Хосте, доктор медицины
Профессор и заведующий кафедрой патологии
Медицинский директор
Наблюдает за аспектами контроля качества Ресурса
Кэтлин Мартинес PA
Технический менеджер
Курирует технические аспекты Ресурса
Фред Шульц, Массачусетс
Управление информатикой
Услуги гистологии и молекулярной патологии
Обработка тканей, заливка в парафин и нарезка парафиновых срезов, а также мгновенное замораживание тканей и замороженных срезов. Окрашивание H&E на парафиновых и замороженных срезах.
Лаборатория может окрашивать срезы тканей стандартными антителами, используя уже существующие протоколы. В качестве альтернативы лаборатория может обрабатывать антитела с помощью платформы VENTANA DISCOVERY, которая позволяет использовать несколько комбинаций окрашивания для оптимизации результатов окрашивания.
Двойное окрашивание для HER-2 и ER
Дизайн и конструкция тканевого микроматрицы: это влечет за собой сбор донорских парафиновых блоков, выбор областей, представляющих интерес для сердцевины, и помещение ядер в пустой парафиновый блок-реципиент. Преимущества заключаются в скорости и стоимости, поскольку на одном слайде можно оценить несколько образцов. Типичный АПМ содержит от 50 до 200 ядер диаметром 0.6–2.0 мм. Приблизительно 50 секций можно получить из одного блока TMA.
(Справа: E-кадгерин)
Обычно это включает сбор избыточных или остаточных тканей, оставшихся во время хирургической резекции после того, как диагностические образцы были взяты для микроскопического исследования хирургическим патологом, и достаточное количество образцов сохраняется в парафине для потенциального будущего тестирования для ухода за пациентами. Персонал общих ресурсов HTR-TA будет собирать ткани в комнате для макроскопического вскрытия отделения хирургической патологии UNM HSC. В настоящее время общие ресурсы HTR-TA не выполняют венепункции, но будут хранить такие образцы по запросу исследователей.
Консультанты проекта совместного использования ресурсов HTR-TA могут собирать патологические и клинические данные, которые удаляются из идентификаторов HIPAA и кодируются для соответствующих образцов.
Анализ изображений
Изображения срезов тканей, окрашенных гематоксилин-эозином или иммуногистохимически, захватываются цифровым сканером Leica AT2 и загружаются в программное обеспечение HALO для визуализации и аннотирования.
Программное обеспечение HALO позволяет аннотировать ткань (опухоль, строму, мышцы, жир и т. Д.), А затем подсчитывать клетки, положительные по выбранному белку (рисунок справа) в каждой из этих аннотированных областей. Это также позволит вам анализировать и количественно определять взаимодействия ближайших соседей.
Программное обеспечение включает в себя инструмент для создания фигур, который может создавать многопанельные фотографии изображений в доступных для публикации форматах, включая опорные рамки и масштабную линейку.

На этом рисунке показана количественная оценка окрашивания на Ki67 при раке груди. Верхняя левая панель показывает образец тканевого микрочипа, средняя панель показывает окрашивание Ki67 (коричневый) без разметки HALO, а правая панель показывает то же изображение с разметкой HALO.
Разметка показывает низкий уровень окрашивания (желтый), умеренный (коричневый) и высокий уровень (красный) Ki67 в ядре опухолевых клеток. Окрашивание синим - это клетки, отрицательные по Ki67. Программа может независимо подсчитывать окрашивание Ki67 в стоме опухоли.
В таблице показано количество и процент клеток в каждой категории окрашивания, а гистограмма показывает распределение окрашивания.
Как подать заявку на получение образцов
Контакты Кэти Мартинес планировать.
Откройте свою учетную запись в iLab:
- Перейдите в страница входа в iLabs.
- В правом верхнем углу экрана выберите Регистрация
- Заполните регистрационную форму на странице регистрации.
- Получите приветственное письмо от iLab с учетными данными и инструкциями
Запрос услуг в iLab:
- Создайте заявку на закупку (PR) через свой отдел. Отправить PR по электронной почте Палакши Редди Бандапалли с просьбой добавить его в вашу лабораторию в системе iLab.
- Перейдите на сайт iLabs войти стр.
- В правом верхнем углу этой страницы введите свое имя пользователя и пароль.
- На вкладке «Запрос услуг» нажмите «Инициировать запрос».
- Заполните форму и укажите платежную информацию по вашему запросу до отправки запроса на общий ресурс HTR-TA.
- Убедитесь, что название проекта и номера SRC/HRRC/IACUC совпадают с указанными в ваших письмах об одобрении.
- Под каждой категорией услуг введите желаемое число и щелкните вкладку «Добавить выбранные услуги». Услуги будут добавлены внизу формы.
- Используйте поле «Дополнительная информация», чтобы добавить любую важную информацию, а также прикрепить / загрузить любые соответствующие документы, такие как список образцов или описание ориентации.
- Запросы будут ожидать рассмотрения общим ресурсом HTR-TA, который внесет все необходимые изменения и отправит их обратно для вашего одобрения. Вы получите электронное письмо от iLab относительно вашего обновленного запроса на проект.
- Отправьте свое предложение в Комитет научной экспертизы (SRC). Свяжитесь с Эрнестиной Армийо для руководства в этом процессе.
- Заполните заявление SRC (HRP-224) со всеми необходимыми подписями и отправьте в SRC.
- После того, как SRC одобрит ваше предложение, отправьте письмо об одобрении вместе с вашей заявкой в UNM. Комитет по обзору исследований на людях (HRRC) Институциональный наблюдательный совет (IRB).
Для навигации по процессу подачи заявки на IRB:
- По указанной выше ссылке нажмите кнопку «irb.health.unm.edu» в нижней части страницы.
- Щелкните вкладку IRB вверху экрана.
- Нажмите кнопку «Создать новое исследование» слева.
- Заполните форму
- В вопросе №7 нажмите ссылку «Библиотека IRB» и выберите соответствующий протокол для вашего исследования.
- Если для вашего исследования требуются только деидентифицированные материалы, выберите протокол категории 4 (HRP-582). *Примечание: для использования деидентифицированных тканей, использованных в качестве отходов, согласие может не потребоваться.
- Если ваше исследование не требует получения какой-либо информации о живых людях, выберите Nonhuman Subject Research (HRP-585)
- Вы можете подать ускоренную заявку, если ваше исследование включает только образцы, которые были собраны исключительно для целей, не связанных с исследованиями (например, для лечения и диагностики).
- Если вам нужна помощь в прохождении процедуры подачи заявки IRB или помощь в определении того, какой протокол лучше всего соответствует потребностям вашего проекта, пожалуйста, свяжитесь с Эрнестиной Армийо для получения помощи.
После одобрения HRRC отправьте запрос на ткань на общий ресурс HTR-TA через iLab. Вам потребуется загрузить письма об одобрении SRC и IRB, а также подать активную заявку на закупку (PR).
Навигация по iLab:
- Перейдите в https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
- В правом верхнем углу экрана выберите «Регистрация».
- Заполните регистрационную форму.
- Получите приветственное письмо от iLab с учетными данными и инструкциями.
Запрос услуг в iLab:
- Подать заявку на закупку (PR) Палакши Бандапалли запросив добавление его в вашу учетную запись iLab для использования в службах HTR.
- Перейдите на https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
- В правом верхнем углу страницы нажмите «Войти» и введите имя пользователя и пароль.
- На вкладке «Запросы на обслуживание» нажмите «Инициировать запрос» рядом с запросом на обслуживание ресурсов хранилища тканей человека и анализа тканей.
- Заполните форму, загрузив соответствующие письма-разрешения SRC/IRB/IACUC, и выберите номер PR в раскрывающемся меню. Нажмите «Отправить запрос».
- Запрос будет рассмотрен HTR. Необходимые изменения будут внесены и отправлены на утверждение.
- Письма от iLab будут содержать информацию о статусе проекта.
- Обратитесь к совместному ресурсу HTR-TA для проведения сессии по планированию/технико-экономическому обоснованию.
- Отправьте свое предложение в Комитет научной экспертизы (SRC). Свяжитесь с Эрнестиной Армийо для руководства по этому процессу.
- После того как SRC одобрит ваше предложение, отправьте письмо об одобрении вместе с вашей заявкой в Институциональный наблюдательный совет UNM Human Research Review Committee (HRRC) (IRB) (см. инструкции выше).
- Обратитесь к общему ресурсу HTR-TA для проведения дополнительной сессии планирования (обычно необходимой для уточнения деталей процесса). Эта встреча включает получение одобрения от начальника отдела хирургической патологии для обеспечения доступности образцов при соблюдении национальных лабораторных правил и наилучшего ухода за пациентами.
- Если после завершения расследования у вас остались ткани, вы должны вернуть их в общий ресурс HTR-TA.
- Вы должны получить разрешение местного комитета по обзору исследований на людях, если какая-либо часть собранных тканей потенциально может быть использована для исследований.
- Начальник отделения хирургической патологии или назначенное им лицо должны одобрить метод сбора образцов, чтобы обеспечить сохранение достаточного количества репрезентативных тканей для оказания клинической помощи.
Каталог
Сайт собранных тканей
(Включает архивные материалы из UNM и предполагаемую коллекцию для исследователей для конкретных исследований.)
- Мочевой пузырь, Кровь, Кость, Костный мозг, Мозг, Грудь
- Грудная стенка, колоректальный
- Мембранный клапан
- Желчный пузырь
- Голова и шея
- Почка
- Печень, легкие, лимфатический узел
- средостение
- Сальник, яичник
- Поджелудочная железа, пенис, брюшина, простата
- Слюна, слюнная железа, кожа, тонкий кишечник, мягкие ткани, селезенка, желудок
- Яичко, тимус, щитовидная железа
- Матка и шейка матки
- Влагалище / вульва
Расширенный регистр рака груди (EBCR)
Это сложный сбор тканей, состоящий из более чем 400 согласованных пациентов с разными временными точками и типами собранных тканей. По каждому пациенту были собраны следующие данные:
- Максимум 5 аликвот сыворотки / участник / сбор (например, базовый уровень или время FUP)
- Максимум 10 аликвот плазмы / участник / коллекция
- 10 аликвот ДНК из цельной крови / участника / коллекции
- Максимум 2 аликвоты ДНК из жидкости для полоскания рта или мазка / участника / коллекции
- ткань груди (аспираты тонкой иглы, флаконы и формы для ОКТ) - все случаи разные.
Пожалуйста, свяжитесь с общим ресурсом HTR-TA для более подробного запроса этого набора данных.
