Репозиторий тканей человека и анализ тканей

Репозиторий тканей человека и общий ресурс для анализа тканей (HTR-TASR) совместно финансируются онкологическим центром и отделением патологии. Они были созданы для содействия трансляционным исследованиям профессорско-преподавательского состава онкологического центра, отделения патологии, медицинской школы и других институтов. На этом веб-сайте описаны предлагаемые услуги и контактные данные сотрудников HTR-TASR, которые могут проконсультировать по вопросам наличия образцов и всех аспектов гистологии и молекулярной патологии.

Цель

Содействовать приобретению, хранению и распространению высококачественных образцов тканей человека среди исследователей UNM для использования в научных исследованиях при соблюдении соответствующих этических, научных и законодательных принципов и правил.

Мы используем Лучшие практики NCI для ресурсов биологических образцов как наш гид.

О HTR-Tissue

Общий ресурс HTR-Tissue:

  • Польза для будущих пациентов, позволяя исследователям получить доступ к хорошо сохранившимся и поддерживаемым тканям, которые иначе были бы недоступны
  • Пользу от UNM HSC, усиливая миссию по предоставлению качественной помощи пациентам за счет содействия инновационным и клинически ценным исследованиям.
  • Честная брокерская функция HTR по выдаче обезличенных образцов, лишенных 18 личных идентификаторов HIPAA, защищает исследователей от потенциальных осложнений / нарушений HIPAA

TASR предоставляет множество гистологические услуги, включая различные виды иммуногистохимического и иммунофлуоресцентного окрашивания, а также различные методы молекулярной патологии такие как ПЦР, ПЦР в реальном времени, извлечение ДНК и РНК из тканей и жидкостей и иммунофлуоресценция.

Краткое описание услуг HTR-TASR для заявок на гранты

Общий ресурс репозитория человеческих тканей и анализа тканей (HTR-TASR) может выполнять ряд методов и предлагает различные услуги на платной основе.

HTR-TASR собирает подходящие нормальные и опухолевые ткани, главным образом, из оставшихся выбракованных хирургических образцов, и хранит их либо в замороженном виде, либо в виде блоков, залитых в фиксированный формалином парафин (FFPE). Исследователи могут запросить ткани с одобрения IRB (Управления по защите исследований человека) и Комитета по надзору за исследованиями тканей (TROC, ранее SRC).

HTR-TASR также может предоставлять ряд различных гистологических и молекулярных услуг, таких как секционирование и окрашивание H&E, иммуногистохимия и иммунофлуоресценция с использованием платформы Ventana Discovery Ultra Platform, создание индивидуальных тканевых микроматриц (ТМА), оцифровка слайдов (светлое поле и флуоресцентное) Aperio Versa 200 и анализ изображений с помощью платформы HALO ™ (от Indica Labs, штаб-квартира в Альбукерке, Нью-Мексико).

Доступны различные типы обработки крови, включая подсчет клеток и их жизнеспособность с помощью Nexelom Cellometer 1000.

Некоторым исследователям требуются специально подготовленные образцы или особые требования к образцам. Для этих утвержденных исследований персонал HTR проспективно соберет образцы и обработает их в соответствии с потребностями исследователей. Кроме того, доступны некоторые молекулярные услуги, такие как выделение ДНК и РНК, ПЦР и ПЦР в реальном времени. Для обсуждения желаемых услуг необходимо организовать технико-экономическое совещание с техническим менеджером и менеджером по эксплуатации.

Чтобы подтвердить использование этого общего ресурса, пожалуйста, включите в свои публикации следующее:

Это исследование было частично поддержано грантом NCI P30CA118100 Универсального онкологического центра UNM и использовало общий ресурс репозитория человеческих тканей и анализа тканей, который получает дополнительную поддержку со стороны отделения патологии Медицинской школы Университета Нью-Мексико.

Связаться с HTR-Tissue

Телефон: (505) 272-1127
Эл. Почта: fabricbank@salud.unm.edu
Фитц Холл, комнаты 306B и 306C
Медицинская школа UNM HSC
Отделение патологии
МСК 08-4640
915 Камино де Салуд, NE
Альбукерке, Нью-Мексико 87131

HTR-TA Персонал

Деннис МакКэнс, доктор философииДеннис Дж. Маккэнс, доктор философии

Профессор-исследователь, патология

Научный руководитель

Курирует все аспекты Ресурса

Эдгар Фишер, доктор медициныЭдгар Фишер, доктор медицины

Профессор патологии

Медицинский директор

Наблюдает за аспектами контроля качества Ресурса

Кэтлин Мартинес, PDКэтлин Мартинес PA

Технический менеджер

Курирует технические аспекты Ресурса

Сэди Ла Бов, доктор философииСэди Ла Бов, доктор философии

Оперативный специалист

Управляет повседневными обязанностями

Фред Шульц, МассачусетсФред Шульц, Массачусетс

Управление информатикой

Услуги гистологии и молекулярной патологии

Обработка тканей и заливка парафином или мгновенное замораживание тканей. Ткань может быть окрашена окрашиванием H&E или оставаться неокрашенной.

Лаборатория может окрашивать срезы тканей стандартными антителами, используя уже существующие протоколы. В качестве альтернативы лаборатория может обрабатывать антитела с помощью платформы VENTANA DISCOVERY, которая позволяет использовать несколько комбинаций окрашивания для оптимизации результатов окрашивания.

HER-2 и изображение ER
Двойное окрашивание для HER-2 и ER

Антитела с флуоресцентной меткой также можно использовать для обнаружения интересующего вас белка.

Микромассивы тканей HTR - е-кадгерин

Дизайн и конструкция тканевого микроматрицы: это влечет за собой сбор донорских парафиновых блоков, выбор областей, представляющих интерес для сердцевины, и помещение ядер в пустой парафиновый блок-реципиент. Преимущества заключаются в скорости и стоимости, поскольку на одном слайде можно оценить несколько образцов. Типичный АПМ содержит от 50 до 200 ядер диаметром 0.6–2.0 мм. Приблизительно 50 секций можно получить из одного блока TMA.

 

(Справа: E-кадгерин)

Персонал HTR-TASR может получить архивные блоки ткани из больницы UNM.

Обычно это включает в себя сбор избыточных или остаточных тканей, оставшихся во время хирургической резекции после того, как диагностические образцы были взяты для микроскопического исследования хирургическим патологом, и достаточное количество образцов остается в парафине для потенциального будущего тестирования для ухода за пациентом. Персонал HTR-TASR будет собирать ткани в кабинете общей диссекции хирургической патологии UNM HSC. В настоящее время HTR не выполняет венепункции, но хранит такие образцы по запросу исследователей.

Консультанты проекта HTR-TASR могут собирать патологические и клинические данные, которые лишены идентификаторов HIPAA и закодированы для соответствия образцам.

  1. Выделения ДНК и РНК из различных типов образцов (например, свежей / замороженной крови, трансформированных клеток, замороженной ткани, залитой парафином ткани); включая количественную оценку и оценку качества РНК.
  2. Амплификация с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) от ДНК или РНК-мишеней, включая дизайн праймеров, оптимизацию ПЦР, настройку ПЦР и ОТ-ПЦР, а также гель-электрофорез для обеспечения качества.
  3. Количественное определение экспрессии генов (ПЦР в реальном времени): включая дизайн праймера.

Анализ изображений

Изображения срезов тканей, окрашенных H&E или иммуногистохимически, или иммунофлуоресцентных срезов захватываются цифровым сканером Leica Versa 200 и загружаются в программное обеспечение для визуализации и аннотации HALO.

Программное обеспечение HALO позволяет аннотировать ткань (опухоль, строму, мышцы, жир и т. Д.), А затем подсчитывать клетки, положительные по выбранному белку (рисунок справа) в каждой из этих аннотированных областей. Это также позволит вам анализировать и количественно определять взаимодействия ближайших соседей.

Программное обеспечение включает в себя инструмент для создания фигур, который может создавать многопанельные фотографии изображений в доступных для публикации форматах, включая опорные рамки и масштабную линейку.

Количественные результаты Изображение

На этом рисунке показана количественная оценка окрашивания на Ki67 при раке груди. Верхняя левая панель показывает образец тканевого микрочипа, средняя панель показывает окрашивание Ki67 (коричневый) без разметки HALO, а правая панель показывает то же изображение с разметкой HALO.

Разметка показывает низкий уровень окрашивания (желтый), умеренный (коричневый) и высокий уровень (красный) Ki67 в ядре опухолевых клеток. Окрашивание синим - это клетки, отрицательные по Ki67. Программа может независимо подсчитывать окрашивание Ki67 в стоме опухоли.

В таблице показано количество и процент клеток в каждой категории окрашивания, а гистограмма показывает распределение окрашивания.

Как подать заявку на получение образцов

Контакты Кэти Мартинес or Сэди Лабов планировать.

Откройте свою учетную запись в iLab:

  1. Перейдите в страница входа в iLabs.
  2. В правом верхнем углу экрана выберите РЕГИСТРАЦИЯ
  3. Заполните регистрационную форму на странице регистрации.
  4. Получите приветственное письмо от iLab с учетными данными и инструкциями

Запрос услуг в iLab:

  1. Создайте заявку на закупку (PR) через свой отдел. Отправить PR по электронной почте Сабрина Самудио-Руис и Абель Таранго-Прието с просьбой добавить его в вашу лабораторию в системе iLab.
  2. Перейдите в iLabs войти стр.
  3. В правом верхнем углу этой страницы введите свое имя пользователя и пароль.
  4. На вкладке «Запросить услуги» нажмите «Инициировать запрос» рядом с интересующей услугой (репозиторий тканей человека или услуги по молекулярной патологии).
  5. Заполните форму и предоставьте платежную информацию для вашего запроса до отправки запроса в HTR.
    1. Убедитесь, что название проекта и номера TROC / HRRC / IACUC совпадают с указанными в письмах с одобрением.
    2. Под каждой категорией услуг введите желаемое число и щелкните вкладку «Добавить выбранные услуги». Услуги будут добавлены внизу формы.
    3. Используйте поле «Дополнительная информация», чтобы добавить любую важную информацию, а также прикрепить / загрузить любые соответствующие документы, такие как список образцов или описание ориентации.
  6. Запросы будут рассмотрены HTR, который внесет все необходимые изменения и отправит их на ваше одобрение. Вы получите электронное письмо от iLab относительно вашего обновленного запроса на проект.
  1. Отправьте свое предложение в Комитет по надзору за исследованиями тканей (TROC). Связаться с Карен Капобианко для руководства в этом процессе.
  2. После того, как TROC одобрит ваше предложение, отправьте письмо с одобрением вашего приложения в UNM. Комитет по обзору исследований на людях (HRRC) Институциональный наблюдательный совет (IRB).

Для навигации по процессу подачи заявки на IRB:

  1. По указанной выше ссылке нажмите кнопку «Click IRB» слева.
  2. Щелкните вкладку IRB вверху экрана.
  3. Нажмите кнопку «Создать новое исследование» слева.
  4. Заполните форму
  5. В вопросе № 7 щелкните ссылку, чтобы перейти в библиотеку и выбрать соответствующий протокол для вашего исследования.
    1. Если для вашего исследования требуются только обезличенные материалы, выберите протокол освобожденной категории 4 (HRP-582). * Примечание: для деидентифицированных выброшенных салфеток согласие может не требоваться
    2. Если ваше исследование не требует получения какой-либо информации о живых людях, выберите Nonhuman Subject Research (HRP-585)
    3. Вы можете подать ускоренную заявку, если ваше исследование включает только образцы, которые были собраны исключительно для целей, не связанных с исследованиями (например, для лечения и диагностики).
  6. После одобрения HRRC отправьте запрос ткани в HTR через iLab. Вы загрузите свои письма-утверждения SRC и IRB, и у вас будет активный PR в системе.
  1. Свяжитесь с HTR-TASR для обсуждения вопросов планирования / технико-экономического обоснования.
  2. Отправьте свое предложение в Комитет по надзору за исследованиями тканей (TROC). Связаться с Карен Капобианко для руководства по этому процессу.
  3. После того, как TROC утвердит ваше предложение, отправьте письмо с утверждением вместе с вашей заявкой в ​​Совет по институциональной проверке (IRB) Комитета по надзору за человеческими исследованиями UNM (HRRC) (см. Инструкции выше).
  4. Свяжитесь с HTR-TASR для дополнительной сессии планирования (обычно требуется для уточнения деталей процесса. Эта встреча включает получение одобрения от начальника отделения хирургической патологии для обеспечения доступности образцов при сохранении соответствия национальным лабораторным правилам и наилучшего ухода за пациентами.
  5. Если после завершения расследования у вас остались ткани, вы должны вернуть их в HTR.
  1. Вы должны получить разрешение местного комитета по обзору исследований на людях, если какая-либо часть собранных тканей потенциально может быть использована для исследований.
  2. Начальник отделения хирургической патологии или назначенное им лицо должны одобрить метод сбора образцов, чтобы обеспечить сохранение достаточного количества репрезентативных тканей для оказания клинической помощи.

Оптимизировать складские запасы

Сайт собранных тканей

(Включает архивные материалы из UNM и предполагаемую коллекцию для исследователей для конкретных исследований.)

  • Мочевой пузырь, Кровь, Кость, Костный мозг, Мозг, Грудь
  • Грудная стенка, колоректальный
  • Мембранный клапан
  • Желчный пузырь
  • Голова и шея
  • Почка
  • Печень, легкие, лимфатический узел
  • средостение
  • Сальник, яичник
  • Поджелудочная железа, пенис, брюшина, простата
  • Слюна, слюнная железа, кожа, тонкий кишечник, мягкие ткани, селезенка, желудок
  • Яичко, тимус, щитовидная железа
  • Матка и шейка матки
  • Влагалище / вульва

Расширенный регистр рака груди (EBCR)

Это сложный сбор тканей, состоящий из более чем 400 согласованных пациентов с разными временными точками и типами собранных тканей. По каждому пациенту были собраны следующие данные:

  • Максимум 5 аликвот сыворотки / участник / сбор (например, базовый уровень или время FUP)
  • Максимум 10 аликвот плазмы / участник / коллекция
  • 10 аликвот ДНК из цельной крови / участника / коллекции
  • Максимум 2 аликвоты ДНК из жидкости для полоскания рта или мазка / участника / коллекции
  • ткань груди (аспираты тонкой иглы, флаконы и формы для ОКТ) - все случаи разные.

Пожалуйста, свяжитесь с HTR-TASR для более подробного запроса этого набора данных.